La Sala Museo è ubicata al primo piano. Il locale è stato completamente rinnovato dopo il trasferimento della biblioteca al piano terreno della sede centrale.
Conserva un museo di antichi strumenti didattici (di fisica, chimica, dattilografia), alcuni dei quali sono descritti in una pubblicazione curata dell’Ateneo fiorentino, e contiene raccolte di pietre e minerali oltre ad una collezione di vecchie lire italiane.